九州新幹線長崎ルートの整備方法３案について、国土交通省は３０日、与党の検討委員会に収支採算性などの試算を示した。全線フル規格とミニ新幹線はともに投資効果があることが報告され、中でも全線フルが最も効果が高く経済性で優位に立った。フリーゲージトレイン（軌間可変電車、ＦＧＴ）は、山陽新幹線に乗り入れた場合に高速安定性に問題が生じるため、乗り入れ不可能と判断。検討委も「採用は困難」との認識でおおむね一致した。
検討委は２０１９年度予算の概算要求前の夏ごろまでに結論を出したい考え。４月中に長崎、佐賀両県知事とＪＲ九州から意見を聴取する。
試算は山陽新幹線に乗り入れ、新大阪駅に終着するケースが前提。新鳥栖－武雄温泉間の追加費用は、全線フルが約６千億円、ミニ新幹線が約１７００億～２６００億円、ＦＧＴは約８００億～１４００億円。
個別の方式で見ると、全線フルは、利用者の便益や事業者収益を建設費などで割った費用対効果が投資に見合う「１」を大幅に上回る「３・３」となった。長崎－博多間の所要時間は１時間を切る５１分となり、２０２２年度の暫定開業時に採用される在来線特急と新幹線を乗り継ぐリレー方式の約１時間２２分と比べ、３１分短縮する。
ミニ新幹線の費用対効果は、上下線の一方だけをフル規格のレール幅にする「単線並列」方式なら「３・１」、上下線ともレールを１本ずつ足して在来線と新幹線のどちらも走らせる「複線三線軌」では「２・６」と見積もった。この日の検討委では工期が短く、費用対効果の高い単線並列を推す意見があり、今後は全線フルか単線並列を軸に議論が進むとみられる。
ＦＧＴは、コスト増が原因で運行主体となるＪＲ九州の収支が年間約２０億円の赤字となる。投資効果は、山陽新幹線に乗り入れができないため算出しなかった。検討委終了後、山本幸三委員長は記者団に「（乗り入れが無理なら）意味がないじゃないかという感じがする」と述べた。
ＪＲ九州は「今の段階でコメントすることはない」とした。
