九州付近に停滞する前線の活発化で大気の状態が不安定となった６日、長崎県内でも記録的な大雨となった。気象庁は同日、「数十年に１度の災害の危険性が高まっている」として県内６市５町に「大雨特別警報」を発表した。本県に同警報が出たのは初めてで、土砂災害や河川の増水などに最大級の警戒を呼び掛けた。
６日午後８時半現在、佐世保市相浦、早岐両地区と対馬市厳原町の一部の計２万５９８０世帯６万１８８９人に避難指示。宇久地域などを除く佐世保、諫早、大村など５市と、西彼時津、東彼川棚町など４町の計２２万１７１４世帯５４万２０９４人が避難勧告の対象となり、１０市６町の計４１２世帯８３６人が避難した。
長崎地方気象台によると、５日午前０時から６日午後７時までの総降水量は、佐世保市干尽町３４７ミリ、長崎市長浦岳３２８ミリ、雲仙岳２８１・５ミリ、松浦２３８ミリ、諫早２２８・５ミリに達した。
県災害警戒本部などによると、佐世保市では横尾、鹿子前両町の住宅２棟が床下浸水。相浦川と早岐川は増水に伴い一時、氾濫危険水位を上回った。大村市重井田町では、崖が幅４メートル、高さ５メートルにわたって崩れた。諫早、西海両市でも土砂崩れによる通行止めが発生した。
交通機関も大きく乱れた。ＪＲ九州は県内全線で午後４時過ぎから運行を見合わせ、７日も始発から運転を見合わせる。また６日は長崎自動車道全線や西九州自動車道の県内全区間が通行止めとなり、佐世保や長崎発着の高速バスも一部運休した。
同気象台は７日午後６時までの２４時間雨量を県南部・北部２００ミリ、五島１００ミリ、壱岐・対馬で８０ミリと予想。「早めの安全確保に努めてほしい」としている。
