長崎労働局がまとめた２０１７年度の労働相談件数によると、民事上のトラブルに当たる「個別労働紛争」の相談件数が３１１９件（前年度比３・９％増）で、個別労働紛争の解決制度ができた２００１年以降、過去最多となった。人手不足感が続く中、「辞めたくても辞めさせてもらえない」といった自己都合退職に関する相談が７６１件（同１２・４％増）で最も多かった。
労使間トラブルを巡っては、その防止や解決につなげようと、同局や労働基準監督署など県内７カ所に総合労働相談コーナーがあり、労働者らからの相談に相談員が対応している。近年はパワハラやいじめなどへの関心の高まりに加え、相談コーナーの認知度向上を受けて増加傾向にある。
自己都合退職に関する相談内容は「退職を申し出ても辞めさせてもらえない」や「辞めるなら代わりを見つけるように言われた」などのケースがある。本県は全国に比べて自己都合退職の割合が高い傾向にあり、同局は「県内は中小事業者が多く、人手不足や、法律に関する知識不足の影響が大きいことが考えられる」と分析。「機会を捉えて労働基準法の周知などに取り組む」としている。
項目別で次に多かったのが「いじめ・嫌がらせ」の７０４件（同１３・５％減）。「解雇」が３７５件（同１０・７％減）、「労働条件引き下げ」が３０６件（同１３・７％増）、「退職勧奨」が２３５件（同６・８％増）と続いた。
労使間での解決が難しい場合に労働局長が当事者に示す「助言・指導」の申し出件数は１０９件（１８％減）、弁護士などの専門家でつくる紛争調整委員会による「あっせん」の申請件数は１８件（同５２・６％減）だった。
