MotoGP第16戦日本GP、Moto3クラスは、栃木県のツインリンクもてぎで予選を行い、ガブリエル・ロドリゴ（KTM）が1分56秒894でポールポジションを獲得した。
Moto3クラスの予選は気温22度、路面温度33度のドライコンディションで争われた。
1回目のアタックでトップに立ったのはマルコ・ベゼッチ（KTM）。ベゼッチは開始10分すぎに1分57秒264を記録しトップとなる。
残り15分を切ったところでロドリゴが1分57秒258を記録しファステストを更新。残り5分を切って最後のアタックに向けて各ライダーがコースインする。
ラストアタックでまずトップに立ったのはエネア・バスティアニーニ（ホンダ）。バスティアニーニは1分57秒194を記録する。
その後方の集団の先頭でアタックしていたホルヘ・マルティン（ホンダ）が1分57秒118を記録してバスティアニーニのタイムを逆転するが、直後につけていたロドリゴがそれを上回る1分56秒894を記録する。
このタイムを上回るものは現れず、ロドリゴが今シーズン初、Moto3クラス通算3回目となるポールポジションを獲得した。
ロドリゴに続いていた、ジョン・マクフィー（KTM）がラストアタックで1分56秒969で2番手に続き、ベゼッチはラストアタックで記録した1分57秒014で3番手を獲得。
マルティンが1分57秒118で4番手となり、5番手に1分57秒120でダリン・ビンダー（KTM）、6番手に1分57秒194でバスティアニーニ、7番手に1分57秒202でデニス・フォッジア（KTM）の順で続いた。
真崎一輝（KTM）は、ロドリゴらと同じ集団の中でラストアタックに臨み、チェッカーを受けた時点では5番手だったものの、1分57秒260で8番手となった。前戦タイGPではフロントロウを獲得している真崎は、2戦連続で予選トップ10入りを果たした。
佐々木歩夢（ホンダ）はラストアタックの7コーナーでハイサイド転倒、1分57秒610で13番手に。鈴木竜生（ホンダ）は残り10分の9コーナーで転倒を喫し、最後のアタックに臨むことができず、1分58秒411で26番手につけた。
鳥羽海渡（ホンダ）は1分58秒659で28番手、ワイルドカード参戦の岡崎静夏（ホンダ）は2分03秒453で29番手、福嶋佑斗（ホンダ）は開始15分すぎに5コーナーで転倒を喫したものの、再スタートし、2分03秒584で30番手となった。
以下、Moto3クラス予選の順位結果。
■MotoGP第16戦日本GP Moto3予選順位結果
天候：晴れ 路面：ドライ
Pos. No. Rider Team Motorcycle Time
1 19 G.ロドリゴ RBA BOE Skull Rider KTM 1’56.894
2 17 J.マクフィー CIP – Green Power KTM 1’56.969
3 12 M.ベゼッチ Redox PruestelGP KTM 1’57.014
4 88 J.マルティン Del Conca Gresini Moto3 ホンダ 1’57.118
5 40 D.ビンダー Red Bull KTM Ajo KTM 1’57.120
6 33 E.バスティアニーニ Leopard Racing ホンダ 1’57.194
7 10 D.フォッジア SKY Racing Team VR46 KTM 1’57.202
8 22 真崎 一輝 RBA BOE Skull Rider KTM 1’57.260
9 75 A.アレナス Angel Nieto Team Moto3 KTM 1’57.410
10 48 L.ダラポルタ Leopard Racing ホンダ 1’57.453
11 42 M.ラミレス Bester Capital Dubai KTM 1’57.476
12 14 T.アルボリーノ Marinelli Snipers Team ホンダ 1’57.507
13 71 佐々木 歩夢 Petronas Sprinta Racing ホンダ 1’57.610
14 77 V.ペレス Reale Avintia Academy 77 KTM 1’57.627
15 21 F.ジャンアントニオ Del Conca Gresini Moto3 ホンダ 1’57.636
16 84 J.コンフェイル Redox PruestelGP KTM 1’57.692
17 23 N.アントネッリ SIC58 Squadra Corse ホンダ 1’57.755
18 16 A.ミーニョ Angel Nieto Team Moto3 KTM 1’57.862
19 44 A.カネト Estrella Galicia 0,0 ホンダ 1’57.910
20 72 A.ロペス Estrella Galicia 0,0 ホンダ 1’58.002
21 5 J.マシア Bester Capital Dubai KTM 1’58.020
22 65 P.エッテル Sudmetal Schedl GP Racing KTM 1’58.034
23 7 A.ノルディン Petronas Sprinta Racing ホンダ 1’58.107
24 31 C.ビエッティ SKY Racing Team VR46 KTM 1’58.236
25 81 S.ネパ CIP – Green Power KTM 1’58.315
26 24 鈴木 竜生 SIC58 Squadra Corse ホンダ 1’58.411
27 41 N.アティラプバパト Honda Team Asia ホンダ 1’58.659
28 27 鳥羽 海渡 Honda Team Asia ホンダ 1’58.659
29 13 岡崎 静夏 Kohara Racing Team ホンダ 2’03.453
30 36 福嶋 佑斗 Team Plus One ホンダ 2’03.584
