航空各社は10月13日、着陸制限が解除されたことに伴い、羽田空港や成田空港を発着する航空機の運航を再開した。
全日本空輸（ANA）は13日、羽田空港や成田空港を発着する多数の便で欠航した。成田空港を発着する国際線は、全便で欠航もしくは翌日への大幅遅延を決めた。あす14日には平常運航を予定しているものの、一部の便で遅延が発生する。
日本航空（JAL）は13日、運航を再開したものの、多くの便で欠航が発生した。「出来る限り早期に通常運航に戻せるよう努める」としている。
その他の航空会社でも、13日に多くの便が欠航した。
