県庁跡地の活用を巡る具体的な議論は2009年にスタート。学識者らでつくる「県庁舎跡地活用検討懇話会」は14年、跡地に期待する機能の候補として広場やホールなどを県に提言した。同年、長崎市が市公会堂の廃止を決定。市は代替施設を県庁跡地に建てようと県に提案した。
16年、県は跡地活用の方向性として▽広場▽交流・おもてなしの空間▽質の高い文化芸術ホール－の3機能を示した。だが、ホールと市が計画するMICE（コンベンション）施設の機能重複といった懸念もあり、県は市の動向を注視。MICEの是非を巡る議論が紛糾するかたわら、跡地活用の議論は停滞した。
18年、市議会がMICEの整備費を含む予算案を可決した。県と市は同年、県庁跡地に市がホールを整備することで合意。3機能を効果的に配置する整備方針が固まった。
一方、19年には学識者らで「長崎県庁跡地遺構を考える会」が発足。徹底した遺跡調査の必要性を訴えていた。
