長崎県内では3月14日に壱岐市で初の感染者を確認。全国的な感染拡大を受け、政府は4月7日、東京、大阪など7都府県に対し緊急事態宣言を発令、同16日には本県を含む全都道府県に対象を拡大した。小中高は一斉休校し、事業者には休業要請。緊急事態宣言は5月14日に解除された。
県内は4月17日までに6市町計17人の感染が判明。その後、7月3日まで感染者は出なかった。だが、この間に長崎港に停泊中のクルーズ船内で乗組員149人が感染するクラスター（感染者集団）が発生した。
7月中旬に長崎みなとメディカルセンター（長崎市）でクラスターが発生、8月上旬には県立長崎北陽台高（西彼長与町）でも起きた。7月は72人、8月は143人と県内において感染拡大の不安が高まったが、9月は6人、10月は4人にとどまっている。
17日現在、県内の累計の感染者数は242人、死者数は3人。
