日本学術会議の会員推薦に対する菅義偉総理の任命拒否問題が１１日の衆院内閣委員会で取り上げられ、立憲民主党の今井雅人議員が学術会議から改めて総理に今回任命拒否された６人を推薦することについて、６人は排除されるのかとの問いに、日本学術会議事務局の福井仁史事務局長は「もちろん推薦リストから６人が排除されていないと考えている」と明確に答弁した。
今井議員は「この問題の解決の一番簡単なのは、もう一度、この６人の推薦を出していただいて、政府がそれを任命して、きちっと一度人事の問題を片付けて、それから日本学術会議の在り方について、議論するならしっかり議論する。そうしたことを是非、やっていただきたい」と提案した。
また、今井氏が総理に任命拒否された６人について、安保政策などをめぐり政府の方針への反対運動を先導する事態を懸念し任命を見送る判断をしたことを複数の政府関係者が明らかにしたとする報道内容の事実関係を質したのには、加藤勝信官房長官が「政府に対する発言をもって任命について考慮したということではない」と否定した。しかし、６人を任命しなかった根拠はじめ、推薦を受けた候補を任命するかどうか（もともと任命は形式的なもので、拒否権限は総理にないのだが、任命しなかったことに対しての）任命基準を含めて何ら合理的な説明を政府はしていない。（編集担当：森高龍二）
