長崎市は新型コロナウイルス感染症対策として、当初予算案に10億6100万円、補正予算案に29億9900万円をそれぞれ計上した。
補正予算案のうち、社会経済対策は28億1400万円。緊急事態宣言に伴う飲食店の時短営業や不要不急の外出自粛の影響で売り上げが20％以上落ち込んだ中小事業者に対し、1事業者当たり20万円の一時金を支給する。減収率が50％以上の事業者については30万円とし、県と市町が連携して支払う20万円に市独自の10万円を上乗せする。
業種は不問だが、時短要請協力金（1日4万円）の受給者は対象外。協力金の条件に合わなかったカフェなどの飲食店も対象となる。1月か2月分の売上高を前年と比較し、減収率や影響の内容を踏まえて支援。議決後に申請方法を公表し、3月以降の手続きになる見込み。
この他、閑散期の旅行者割引キャンペーン費として1億300万円を組み込み、国の「Go To トラベル」終了後を見据えた誘客対策を強化。生活を支えるごみやし尿の収集、運搬の業務を安定的に継続できるよう、事業者車両の飛沫（ひまつ）感染対策費として300万円を盛り込んだ。
感染拡大防止の取り組みには、補正予算案と当初予算案合わせて12億4600万円。抗原簡易検査キットを医療従事者向けに市内480の全医療機関へ約1万5500人分配布する。医療機関ごとの配布数などは市医師会と相談しながら決める。この他、高齢者施設や学校関係者向けに約5千個を備蓄する。
感染リスクを軽減するため、高齢者や障害者の利用が多い公共施設では手洗い場の蛇口を自動水栓にし、非接触化を推進。補正予算案に1400万円を組み込んだ。当初予算案のうち、PCR検査費などは8億3100万円を計上した。
